Opetussuunnitelmalla voi olla joko yleisiä tai OPS-kohtaisia sääntöjä. Pääkäyttäjän tehtävä on määritellä säännöt. Lisätietoja pääkäyttäjän roolista: Opetussuunnitelmien säännöt
Sääntöjen tarkoituksena on varmistaa OPSien linjakkuus, yhdenmukaisuus ja laadukkuus. Sääntöjen avulla voidaan kontrolloida esim. sitä, ettei Pepistä siirry julkaisujärjestelmään tai opintohallintojärjestelmään puutteellista tai virheellistä dataa.