Elinkaaren käyttövaiheessa huolehditaan siitä, että järjestelmät toimivat edelleen suunnitellulla tavalla ja muutokset tehdään turvallisesti.
Käyttöönotettaessa ja määräajoin on varmistettava, että häiriötilanteissa laitoksen turvallisessa tilassa pitävät laitteet ja laitteistot toimivat suunnitellulla tavalla. Tämän tulee yleensä tapahtua laitteen/järjestelmän valmistajan laatimien ohjeiden mukaisesti.
Kaikille turva-automaatioon kuuluville laitteille on määriteltävä määräaikaistarkastus- tai testausväli ja menettelyt, joilla järjestelmään luotettavuus kyetään ylläpitämään. Tarkastuksen ja mahdollisten korjausten tekemiseen on nimettävä vastuuhenkilöt. Etukäteen on syytä selvittää myös tarkastuksen tekijä (oma henkilökunta/tarkastuslaitos) ja häneltä mahdollisesti vaadittava pätevyys.
Mikäli turva-automaatiota muutetaan, käydään läpi uudelleen kaikki ne elinkaaren vaiheet, joihin muutos vaikuttaa. Uusimiseen rinnastettavista, kemikaaleihin liittyvistä muutoksista tulee tehdä ilmoitus valvontaviranomaiselle. Painelaitteiden varolaitteita muutettaessa on oltava yhteydessä tarkastuslaitokseen ja hyväksytettävä muutos muutostarkastuksella.
Arvioidaan, vastaako käyttö ja ylläpito määritysvaiheessa asetettuja vaatimuksia ja todetaan järjestelmän käyttöön, ylläpitoon ja muutoksiin liittyen varautumisen riittävyys.