Koska IoT on hyvin laaja käsite vailla selkeää määritystä, sen tarpeisin on kehitetty useita eri protokollia. Osa niistä käsittelee kommunikaatiota laitteiden välillä, osa taas enemmänkin soveltuu tiedon keruuseen laitteilta. Oheessa esiteltynä neljä yleisintä protokollaa eri tarpeisiin. Huolimatta protokollien erilaisuudesta, perusvaatimukset niiden tietoturvan suhteen ovat varsin yhteneviä.
MQTT on avoimeen lähdekoodiin perustuva erittäin kevyt viestiprotokolla. Protokolla pyrkii minimoimaan sitä käyttävien laitteiden resurssivaatimukset sekä käytettävän kaistanleveyden tiedonsiirrossa. Tästä syystä se soveltuu erinomaisesti IoT:n tarpeisiin esimerkiksi mobiililaitteisiin joissa mm. akun kesto on ensiarvoisen tärkeää. Protokolla itsessään ei tue salausta vaan tietoyhteyden salaus on hoidettava erikseen esimerkiksi TLS/SSL:llä. Lähetetty data voidaan myös kryptata lähettävän laitteen päässä mutta tämäkin on tehtävä protokollan ulkopuolisilla sovelluksilla.
MQTT on laajasti käytössä IoT sovelluksissa, tunnetuimpia ovat Facebook Messenger sekä Amazonin IoT palvelut joissa kommunikaatio perustuu MQTT protokollaan.