Magneettikuvauksen alkaessa potilas viedään tutkimuspöydällä onttoon putkeen, jossa hän makaa liikkumatta. Magneettikuvauslaitteessa on vahva magneettikenttä ja muut tarvittavat oheislaitteet. Tutkittava alue ympäröidään kelalla, joka lähettää ja mittaa palautuvat radioaallot.
MRI laitteet painavat tyypillisesti 10-20tonnia.
Useissa magneettikuvausyksiköissä on myös sisäpuhelin, jolla lääkäri voi puhua tutkittavalle kuvauksen aikana. Käytettävissä voi olla myös summeri, jolla voi ottaa yhteyttä henkilökuntaan, jos on kysyttävää. Tutkittava ei ole yksin, vaikka joutuukin olemaan ahtaassa tilassa. Lähellä on aina hoitohenkilökuntaa, johon saa helposti yhteyden sisäpuhelimella tai summerilla.
Magneettikuvauslaitteessa on erittäin voimakas ja tasainen magneettikenttä, minkä vuoksi laite reagoi herkästi lähistöllä oleviin rautaesineisiin ja vetää niitä voimakkaasti puoleensa.
Kuvauslaitetta varten täytyykin rakentaa erillinen tila sekä magneettisuoja ja suoja ulkoisille radioaalloille. Kuvaushuoneen ovessa on metallinilmaisin, joka varoittaa, jos huoneeseen mennään metalliesineen kanssa.
Kuvauslaitteen magneetin voima on niin suuri, että saattaa olla todella vaarallista tuoda kuvaushuoneeseen sinne kuulumattomia esineitä. Lisäksi kuvauslaitteen magneettikenttä vaikuttaa ympäristössään esimerkiksi kuvamonitoreihin ja tietokonelevyihin. Pankki- ja luottokortin magneettiraita tuhoutuu laitteen läheisyydessä. Sydäntahdistin, ja sisäkorvaproteesi tai muu metallinen vierasesine elimistössä estävät potilaan tutkimisen magneettikuvauksella, koska ne hajoavat tutkimuksen aikana. Jotkut potilaat eivät voi mennä magneettikuvauslaitteen putkeen ahtaanpaikan kammon vuoksi.
Energian tarve MRI laitteiden kohdalla on täysin laitekohtaista. Energiaystävällisimpiä laitteita kehitetään kokoajan.