Koska IoT on hyvin laaja käsite vailla selkeää määritystä, sen tarpeisin on kehitetty useita eri protokollia. Osa niistä käsittelee kommunikaatiota laitteiden välillä, osa taas enemmänkin soveltuu tiedon keruuseen laitteilta. Oheessa esiteltynä neljä yleisintä protokollaa eri tarpeisiin. Huolimatta protokollien erilaisuudesta, perusvaatimukset niiden tietoturvan suhteen ovat varsin yhteneviä.
MQTT
MQTT on avoimeen lähdekoodiin perustuva erittäin kevyt viestiprotokolla. Protokolla pyrkii minimoimaan sitä käyttävien laitteiden resurssivaatimukset sekä käytettävän kaistanleveyden tiedonsiirrossa. Tästä syystä se soveltuu erinomaisesti IoT:n tarpeisiin esimerkiksi mobiililaitteisiin joissa mm. akun kesto on ensiarvoisen tärkeää. Protokolla itsessään ei tue salausta vaan tietoyhteyden salaus on hoidettava erikseen esimerkiksi TLS/SSL:llä. Lähetetty data voidaan myös kryptata lähettävän laitteen päässä mutta tämäkin on tehtävä protokollan ulkopuolisilla sovelluksilla.
MQTT on laajasti käytössä IoT sovelluksissa, tunnetuimpia ovat Facebook Messenger sekä Amazonin IoT palvelut joissa kommunikaatio perustuu MQTT protokollaan.
CoAP
CoAP on veistintäprotokolla joka on suunniteltu toimimaan hyvin yksinkertaisissa laitteissa sallien niiden keskustella verkon yli. Protokolla on suunniteltu erityisesti kiinteistöautiomaation ja sähkön kulutuksen valvontaan. Protokollana CoAP käyttää pohjana REST palveluita ja on yhteensopiva käytännössä kaikkien tunnettujen datamallien kanssa kuten XML, JSON jne. CoAP tarjoaa sisäänrakennettuna erittäin vahvan, RSA-pohjaisen suojauksen kommunikaatiolle mikä tekee siitä soveltuvan myös vahvempaa tietoturvaa vaativiin sovelluksiin.
XMPP
XMPP on vanha protokolla jolle on löydetty uusia käyttötarkoituksia IoT:n puitteissa. Protokolla alunperin kehitettiin vastaamaan haasteisiin joita kohdattiin pikaviestipalvelujen keskinäisessä kommunikaatiossa. IoT:n yleistyessä IoT:n haasteisiin vastaamaan on kehitetty XMPP-IoT laajennus. XMPP on eräs turvallisimmista ja käytetyimmistä viestiprotokollista, se tarjoaa sisäänrakennettuna täyden SASL (Simple Authentication and Security Layer) ja TLS/SSL tuen.
XMPP-IoT on erinomainen valinta esimerkiksi protokollaksi esimerkiksi kodin elektroniikan ohjaamisessa.